该室的主要研究方向是：以RNA为作用靶的反义寡核苷酸的研究；人工合成小分子对核酸识别的研究：包括DNA双螺旋形成的研究、小分子药物识别DNA双螺旋的研究、酶性核酸断裂RNA机制的研究及以胞内信号传导系统为靶的核苷（酸）的药物研究。

    课题组学术带头人：张礼和院士、杨铭教授

    多肽、蛋白类药物的体内运输和控释体系及以PKA、内皮素受体等蛋白大分子为靶的小分子设计和抗肿瘤、心血管药物的研究是该室的主要研究方向。

    学术带头人：彭师奇教授

    以细胞粘附的多糖受体为靶分子的免疫多糖和抗癌转移剂的研究。

    学术带头人：叶新山、李中军教授

    该室的主要研究方向是：金属离子与细胞和细胞内生物大分子作用的化学基础研究、金属离子跨膜和转运的机理研究，以及金属离子作用于细胞时发生的事件的研究；以活性化合物为工具的生物调节体系的研究：包括工具药对信号传导系统的研究以及工具药对细胞骨架蛋白组装的研究。

    学术带头人：王 夔  院士    

    本实验室从三个不同的层次来发现中草药及其他天然产物（陆生生物、海洋生物、两栖生物、矿物）中的生物活性物质；建立以受体、酶为作用靶的分子水平的药物筛选系统，以细胞为作用靶的体外实验系统和以动物模型为研究对象的体内评价系统。并用生物转化技术（细菌、酶、真菌、植物组织等）、血清药理学和血清药化学的方法研究单味中药和中药复方，发现新的先导化合物以及探讨中药复杂体系的重大科学问题。

    学术带头人：赵玉英、蔡少青、果德安、杨秀伟、林文翰教授

    本实验室进行新型药物载体输送系统和多肽蛋白药物新型给药系统研究。

    学术带头人：张强教授

    该实验室包括细胞生物学实验室、分子生物学实验室、普通动物实验室、裸鼠实验室。同时设有细胞库、样品库和数据信息库，具备完善的管理制度。细胞库共有人体肿瘤细胞系30余种，动物肿瘤细胞系10余种，为细胞水平的药物筛选提供优质细胞系。为化学研究者有针对性地设计合成新类型的化合物和对已知化合物结构进行改造以及新药研究与开发提供有参考价值的科学依据。1998年筹建《国家新药筛选实验室》，2000年10月通过国家科技部的验收并向国内外开放。

    学术带头人：李长龄、崔景荣教授

    本实验室有科研、教学和社会服务三大项任务。

    于2002年4月通过了国家OS-09认证复查。现有21台大型分析仪器设备和训练有素的科研技术人员17人。对新药的设计、研究和开发起保障作用。

    学术带头人：卢景芬、崔育新、杨秀伟教授